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全世界最重要的健康数据库 UK Biobank数据库(英国生物银行)培训班

对临床医生而言,临床工作与科研的双重压力日益加剧:既要完成繁重的临床任务,又面临晋升所需的科研产出要求。UK Biobank作为全球领先的大规模生物医学数据库,目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系,提高对一些遗传类疾病致病基因的理解,包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病,为临床医生提供了突破时间和资源限制的独特机会。

UK Biobank数据库包含50万名40-69岁参与者的深度数据,收集了遗传、身体和健康数据,包括基因信息和血液样本、生活方式及环境暴露数据,并已对10万参与者进行了全身影像扫描,每人产生超过12,000张影像。这一前所未有的开放获取数据库使大量与健康相关的研究成为可能。

UK Biobank数据库资源规模空前

50万参与者的深度基因型数据与表型数据

全基因组测序数据覆盖所有参与者

15万参与者的全身多模态MRI扫描数据

长期随访数据包括住院、癌症登记、死亡登记等

10万样本的血浆蛋白质组学数据

5万样本的血浆代谢组学数据

一、培训目标:

    1,掌握UK Biobank数据申请全流程,有效规避申请过程中的典型错误。

2通过临床科研真实案例,帮助学员高效获取并分析UK Biobank与临床实践紧密关联的数据。

3,将临床问题转化为可研究的数据科学问题,搭建从临床思维到研究实践的桥梁。

4,完成一项可直接应用于研究课题的项目方案,实现“学即能用”。

5,理解如何将UK Biobank数据与自有临床数据结合

、培训时间:    20251121— 20251124   远程在线培训

                (第一天数据及操作软件调试,共授课三天)

、主讲专家:

来自清华大学、上海交通大学、中国科学院等高校医学生物信息学学科带头人、擅长各类型医学数据统计分析、生物医学大数据挖掘。发表数十篇专业领域内学术论文及SCI论文,主编或参与编写多部著作。参与多家三甲医院临床生物信息学的研究合作,科研及授课经验很丰富。

四、参加对象:

各省市、自治区从事临床医学、基础医学、生物医学工程等科室主任医师、副主任医师、住院医师等临床科研工作者相关人员;国内各重点大学、科研院所相关研究领域的博士、硕士相关研究生和学者等:

五、课程大纲

一、UK Biobank基础与临床研究思路

1,UK Biobank简介与优势

UK Biobank资源概述:50万参与者、全基因组测序、多维数据

临床医生利用公共数据库发文的成功案例剖析

2,UK Biobank数据结构深度解析

健康相关结构数据:生活方式、环境暴露、个人与家族病史

基因数据:全基因组测序、芯片数据、功能注释

影像数据:全身MRI、心脏脑部成像、DEXA扫描

实验室数据:血液、尿液生物标志物

3,数据申请流程详解与技巧

分步演示数据申请流程

如何撰写高质量的研究计划提高申请成功率

常见申请被拒原因及避免方法

Research Analysis PlatformRAP的使用及写作

1,生存分析数据的准备

发病时间的确定生存状态的确定

2,协变量的准备

协变量的提取

协变量的处理(类型的变换、缺失值的处理)

3,构建比例风险模型

训练集和测试集数据生成

模型的训练验证

结果可视化(三线表、森林图、热图)

敏感性分析的原则

敏感性分析的一般方法

4组学数据的分析(以蛋白组学为例)

对缺失值进行多重插补

Lasso进行蛋白筛选

利用筛选蛋白进行模型构建(预测模型)

蛋白功能查询与注释

蛋白功能网络的构建

5,论文复现深度解析,案例论文拆解

研究问题的确定

数据选择与分析策略

6,论文写作技巧

方法描述、结果呈现与讨论框架

UKB 数据的伦理申明

UKB 数据的数据使用权限申明

UK Biobank研究方法与案例实操

1,临床研究设计实战

基于UK Biobank的常见研究设计:队列研究、病例对照研究、全表型关联分析

临床变量选择与定义:ICD编码、自我报告、死亡登记数据

混杂因素识别与控制策略

2,背痛研究案例实操

案例背景:身体活动与背痛风险的关系——一项近期发表在Spine Journal的研究

实加速度计数据处理 + Cox模型构建

剂量反应分析 + 多基因风险评分分层

3,睡眠模式与2型糖尿病发病风险

基于加速度计的睡眠质量评估

时间序列分析与多变量调整

识别最佳睡眠时长与糖尿病预防的关联

UK Biobank高级专题与个性化方案制定

1晚发性精神分裂症可改变风险因素研究

案例背景:利用UK Biobank识别晚发性精神分裂症的109个可改变风险因素

分析方法:

暴露范围关联分析(ExWAS)方法

多变量Cox模型构建

人群归因分数计算

领域特异性风险评分

临床意义:展示如何通过改变风险因素预防高达89%的晚发性精神分裂症

2肥胖新分类与死亡率研究

案例背景:基于新提出的肥胖分类系统分析不同肥胖类别与死亡率

分析方法:

临床肥胖与 preclinical 肥胖定义

死亡率数据关联

多变量调整与竞争风险模型

临床启示:超越BMI的肥胖评估在临床实践中的应用

3AI与多组学在临床研究中的应用

UK BiobankAI应用的典型案例

多组学数据整合分析策略

从单基因到通路分析的进阶方法

4个人研究方案开发与指导

学员提出自己的研究想法

导师一对一指导完善研究设计

制定个人UK Biobank研究时间表与路线图

R语言临床医学应用实战

1R语言分析肿瘤性疾病示例

TCGA数据下载

TCGA差异分析

功能富集分析

蛋白质互作网络分析

表达分析

生存分析

单因素cox回归分析

多因素cox回归分析

免疫分析

药敏分析

2R语言分析非肿瘤性疾病示例

GEO数据下载

GEO差异分析

功能富集分析

蛋白质互作网络分析

表达分析

lasso回归分析

logistic回归

预后风险预测

、辅助课程

1.学后交流、微信群、QQ群建立

2.咨询、合作技术团队深入探讨。

3.专题定制化内训。

六、国内外学者已见刊文章

1,糖尿病和贫血之间的关联:来自NHANES和英国生物库的证据

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2共有490640名英国生物库参与者的全基因组测序

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3,每日总体力活动量和强度、步数和癌症事件风险。来自英国生物库的证据

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4UKB-MDRMF:基于英国生物库数据的多疾病风险和多发病率框架。

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5,肠易激综合征与全因和特定原因死亡率之间的时间依赖性关联:英国生物库内的一项前瞻性队列研究

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6,心房颤动会增加全因性痴呆、阿尔茨海默病和脉管系统疾病的风险:英国生物库373415名参与者的队列研究

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联系方式:

联系人: 毛泽璇(老师)            手机(微信同号):13311241619





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